第八年故事劇情時間軸是哈利波特小說原作:神秘魔法石的故事線，官方用非常巧妙的方式在原作小說模糊地帶的地方與主角故事互動，我覺得是非常聰明的決策，我會一個個細屬目前遊戲主線跟限時的劇情對照，以修正版的頁數為準:
1.主:y8c1重返霍格華茲－神秘魔法石ch5斜角巷
在遊戲故事開頭我們受到佩妮的幫助尋找我們的租屋處，而坐火車到斜角巷跟佩妮會合。過場動畫還會看到小哈利與我們擦肩而過，隨後遇見海格帶著嘿美，這段劇情對應神秘魔法石ch5斜角巷。(對應頁數87開始)
2.主:y8c5周圍都是猴子-神秘魔法石ch7分類帽
在遊戲劇情中主角因離奇懸案部門的篩選考核被分配到破除猴子玩具詛咒，因嘗試無果尋求麥教授的協助，這裡提到被分類帽新分進葛來分多學院的學弟妹:榮恩、奈威、妙麗、哈利，遊戲這段是對應到原作小說分類帽儀式之後(頁132-3)。
3.限:y8c6秘密升級-限時哈利的山怪麻煩-神秘魔法石ch10萬聖節驚魂（章節結束後）
遊戲劇情中主角所屬的離奇罕見懸案部門受老鄧委託指定主角到學校對山怪侵入學校在女廁襲擊學生的問題進行調查跟處理將山怪移走，任務結束後老鄧說之後還會再請主角幫忙。對應小說萬聖節驚魂這章妙麗被山怪襲擊，哈利跟榮恩解救妙麗，遊戲故事是小說該章結束後發生(對應頁187)。
4.限:y8c7案件二詐騙、檔案和時尚-限時保護魔法石-神秘魔法石ch10-11前
其實在遊戲y7c58舊的不去新的不來故事章節指定作業中老鄧讓我們幫忙加強霍格華茲的防護措施以為之後魔法石的到來做準備，這限時的劇情是老鄧為了守護魔法石而與教職員合作設立關卡，而我們的任務是要幫助芽菜、孚立維、麥、石內卜教授他們改善關卡問題增強難度。
該限時劇情中我們幫助芽菜教授將原本毒觸手的關卡改為更困難的魔鬼網，幫助孚立維教授將原本一個飛行鑰匙改為多個飛行鑰匙，親自試驗麥教授的棋局，石內卜部份因他拒絕透漏而沒有幫到什麼忙，另外測試地獄三頭犬毛毛的狀況並回報給老鄧，按照遊戲之後的主線章節，所以會在10-11章左右發生。
魔法石相關限時其實在y2c3限時迎接波八洞來賓奧蕾麗以為魔法石藏在霍格華茲，而為了讓自己更強而對佩妮說謊假裝要轉校到霍格華茲來探查，該故事中可以得知老鄧曾經是樂梅的學徒，魔法石目前不在學校還在樂梅手中。
5.主:y8c10砥礪前行-神秘魔法石c11魁地奇比賽
遊戲主線故事中，我們調查出伊森．帕金簽名被假造而這件事情跟主角探查的詛咒羽毛筆跟墨水痕跡相關，隨後我們跟絲凱在魁地奇球場碰面並了解案情，順道觀看哈利．波特第一場魁地奇比賽，過程中也目睹小哈利的飛天掃肘被下惡咒以及哈利抓到金探子。這段對應小說11章魁地奇比賽，哈利第一次參與魁地奇比賽。(頁數在192開始)
6.限:y8c11好悲傷-限時衛斯理家的聖誕節假期-神秘魔法石ch12意若思鏡
該遊戲劇情是主角跟哥哥雅各被衛斯理家邀請前往羅馬尼亞龍族保護區看查理，而衛斯理家除了亞瑟、茉莉還有比爾跟金妮，遊戲劇情有提到榮恩、弗雷、喬治被留在霍格華茲過聖誕，這段對應小說中12章意若思鏡的開頭(頁203)有說衛斯理夫婦在聖誕節要去羅馬尼亞龍族保護區拜訪查理。
7.限:y8c15歐兄弟-限時轉移蘿蔔-ch14挪威脊背龍蘿蔔中-ch15禁忌的森林前
該遊戲劇情是主角朋友龍學家查理先行拜託了奇獸學家莉茲、巴納比(白化獵犬訓犬師)、霹靂巫師塔伯特和豬頭酒吧工作的梅魯拉前往霍格華茲的頂樓接蘿蔔，而查理為了怕意外發生，請主角到龍族保護區，告訴主角榮恩寫信給他，讓他幫忙把海格養的挪威脊背龍領走，而主角的任務是幫莉茲一行人把風，確保轉移蘿蔔的任務成功，這邊對應小說14章挪威脊背龍中間(頁247後)。
主角到了走廊遇到飛七，隨即用謊言騙過，但不幸的事情發生了，哈利跟妙麗下樓被飛七抓到，主角則躲在一旁愛莫能助，該處對應了小說14章最後(頁249)之後回到主家從莉茲一行人中得知交接很成功，但因為榮恩被龍咬到手，是由哈利跟妙麗交接，最後隨即回到龍族保護區，把榮恩、哈利、妙麗的事告訴查理，隨後回到海格小屋安慰海格，從中得知妙麗、哈利、奈威被各扣50分的事，對應小說15章禁忌的森林前(頁251-2)
8.主:y8c20愛和獨角獸-神秘魔法石ch15禁忌森林結尾
遊戲主線中，主角為了拿取破除哥哥眼睛失明詛咒的魔藥材料獨角獸角而前往人馬營地，尋求人馬朋友翡冷翠的幫助，然而人馬營地的氣氛不對，人馬紛紛討論著翡冷翠離經叛道的行為，從翡冷翠口中得知哈利在禁忌森林發現了被殺死的獨角獸，而翡冷翠因為救哈利，讓他騎在他的背上而遭受人馬族群非議，這裡對應小說15章禁忌的森林結尾(接頁264-267之後)。
9.主:y8c21百花爭鳴-神秘魔法石ch17雙面人後
主線中主角因為在霍格華茲近郊魔法奇獸保護區黑森林中找毛地黃線索無果遇到海格和焦壺教授一同安撫因獨角獸被屠殺吸血事件而嚇壞的獨角獸們，從海格那得知石內卜的魔藥學教室總是有毛地黃的材料，所以尋求石內卜的幫助，為了解毛地黃的生長地以探索而以交換幫忙老石調製鎮定劑。
調製鎮定劑過程中，老石透漏給我們，霍格華茲發生大事件，致使所有的學生被驚嚇到，而該事件是奎若教授背叛霍格華茲跟老鄧，突破魔法石關卡差點就拿到魔法石是哈利阻止了奎若，哈利自衛而殺死了奎若，從老石話中得知，哈利人在校醫室，結合以上劇情可以得知此為神秘魔法石17章雙面人後。(對應頁數為303)
