承接之前的第八年與原作的關係，第九年故事劇情也跟原作有連結，而時間軸是哈利波特小說原作:消失的密室的故事線，官方仍然用非常巧妙的方式在原作小說模糊地帶的地方與主角故事互動我會一個個細屬目前遊戲主線跟限時的劇情對照，以修正版的頁數為準:
前文-第八年與原作關係:
霍格華茲之謎第八年故事劇情與原作小說的關聯性
1.主y9c1信件中的迷團指定作業:哈利的12歲生日-消失的密室故事開始之前-1992年7月底以前
該劇情主要是海格認為他跟哈利成為了朋友，所以為了寄給哈利生日禮物而忙碌著，主角幫助海格，與斯凱挑選魁地奇的物品，與巴納比挑糖果，與可瑞挑書，與海格一起挑蔬菜跟佩妮挑選哈利的蛋糕。
雖然海格寄出了他送的禮物，主角問起哈利的反應，但海格很沮喪的表示沒有收到任何的回信並覺得很奇怪，對應消失的密室c1最慘的生日，哈利7月31生日以前都沒收到任何信件(頁24-6)，並對應c2多比的警告中多比阻攔了榮恩、妙麗、海格的信件(頁35-6)。最後海格說怪獸的怪獸書會在哈利13歲時送給他，對應阿茲卡班的逃犯c1貓頭鷹郵件(頁31-2)。
2.限y9c1信件中的迷團-限時衛斯理家的航班-消失的密室故事開始之前-1992年7月底以前
與1一樣都是故事主線開始之前的相關任務，這個限時的劇情主要是因為衛斯理家最小的孩子金妮要去上學，而查理怕媽媽會感到寂寞，自己無法抽開時間所以請主角去陪伴跟幫忙老媽茉莉的忙。
過程中主角給與金妮一些學校生活建議，而隨後看到喬治、弗雷和榮恩對壞掉的飛天福特汽車發愁，榮恩差點說溜嘴他們急著修車是為了幫助一直沒回應他的哈利對應消失的密室c3洞穴屋(頁42-50)。主角請纓幫忙查看發現是車子少了零件並去魔法部找亞瑟確認是少了電池並說服他，自己答應查理會好好幫忙。
隨後主角前往蛋糕店以幫住傑製作大量蛋糕來客人熱潮為條件，獲得傑幫忙跟阿當(蒙當葛)接洽，最後殺價到3加隆成交，並回洞穴屋與提前結束工作的亞瑟一起修車，過程中也給予了金妮、弗雷、喬治在學校的建議，並在成功修好車後亞瑟跟茉莉邀請主角試車。
3.主y9c3新地方和舊朋友-消失的密室ch4在華麗屋痕書店裡不久前
劇情發生於c3結尾，主角進入罕見離奇懸案部門的港口鑰神祕門傳送到了美國華盛頓廣場，並且拜訪美國魔法國會在作除憶師工作的班，在陪同進行對莫魔的除憶事件(主角傳送到廣場被6個莫魔看到)，製作港口鑰回到魔法部巧遇維嘉詢求廣闊且充滿普通事務怎麼找到詛咒案件相關線索的建議後遇到了奧莉維亞。
奧莉維亞因為雅各視力恢復想要買本書給他，所以邀請主角去華麗屋痕書店幫她挑書，並告訴主角，他的朋友們在前面廣場聊到書的話題，我們過去看到巴納比、東施和塔伯特在聊工作和書本的事情，也從中得知華麗巫痕書店很快地要舉辦新書發表和簽書會。
而巴納比的叔叔西賽爾是鋼鐵洛哈粉也會去，主角想起來薇拉夫人不久前在讓他幫完洛哈簽書會的需求後會邀請他參加簽書會，而這跟奧莉維亞約定的時間剛好是同一天。結尾的這段劇情是對應在不久之後華麗屋痕書店裡的前置劇情(頁81)。
4.主y9c4鎖好-消失的密室ch4在華麗屋痕書店裡
劇情發生在主角跟賴斯受到洛哈的邀請在黑魔法防禦教室幫他打雜並得知他是秘密俱樂部的新領袖同時也是一名新任的黑魔法防禦術教授，洛哈邀請二人前往書店參加他的簽書會，賴斯滿臉不滿的拒絕，而主角因為先前幫書店老闆薇朵夫人處理籌辦洛哈簽書會事宜而受到邀請，同時又因與奧莉維亞有約幫雅各挑書而前往書店。
主角赴約前往華麗汙痕書店與奧莉維亞會合，擁擠的人群近乎是洛哈的粉絲包含茉莉、妙麗等人(哈利也在現場)都是為了見洛哈來到他的《神奇的我》簽書會，洛哈現身前主角趁此機會跟奧莉維亞在人群中試圖找到要送雅各的書。因雅各想要恢復視力後想跟她來場二人異國之旅而挑了相關書，也見證洛哈現身並邀請哈利一起拍照的畫面。
遊戲劇情用洛哈絆住哈利這段劇情讓奧跟主角兩人不能跟哈利碰面，奧也提到雅各對主角收到老爸的達崎伊隆項鍊而憂心忡忡。當然這前後都是對應ch4華麗屋痕書店哈利、妙麗跟榮恩三人奮力擠進書店並各拿一本《與報喪女妖共享休閒時光》溜進格蘭傑夫婦跟衛斯理一家中並邀請哈利拍照(頁81-84)，遊戲畫面呈現的是哈利跟妙麗很從容地走進書店，並沒有像書中那樣是三人擠進去。
5.主y9c4鎖好(指定作業-飛行汽車的尷尬結局)-消失的密室ch5渾拚柳、ch6吉德羅.洛哈
因多比施法讓榮恩跟哈利趕不上火車，榮恩為了能與哈利一起去霍格華茲而開走了他爸的飛天汽車，而因為榮恩的操作也使得許多麻瓜看到造成巫界存在會被發現的危機。這個指定作業是身為級長的派西已經知道榮恩偷老爸的飛天汽車載榮恩去學校，並委託我們調查榮恩所製造的麻煩有沒有傳到巫界中。
主角在活米村、自己辦公的罕見離奇懸案辦公室、破釜酒吧、魔法部等地證實了榮恩闖的禍非常的大，預言家日報和巫界的人大多都已經知道飛天汽車事件，派西想要先在消息傳到父母耳裡前行一步打小報告根本兄友弟恭。不過這件事沒有如派西的願根據小說劇情他的父母在事發當晚便從老鄧的信中得知此事。
這些劇情對應渾拚柳因意外（多比）哈、榮二人無法進9又4/3月台，而偷了老爸的飛天汽車追蹤霍格華茲特快車駛向霍格華茲，但不幸撞上渾拚柳，並在之後被老石抓到攤開預言家晚報報讓他們知道闖下大禍隨後老麥和老鄧的盤問下，兩人雖然沒被開除但被老麥罰勞動服務，老鄧也把這件事寫信告知莫利跟亞瑟(頁92-110)，而莫莉超級生氣的寫了咆哮信罵了榮恩一頓並得知亞瑟正在受到工作單位麻瓜人工製品濫用局調查。(頁112-3)。
6.主y9c6交談、衝突、勳章，我的天啊(指定作業洛哈的混亂)-消失的密室ch6吉德羅.洛哈
對應原作小說ch6消失的密室(頁128-9)之後的事，小說中洛哈在黑魔法防禦術課程中放出綠仙欲從過程中教導學生怎麼防衛綠仙的攻擊，然而放出一群綠仙使得現場混亂，洛哈的魔杖被綠仙搶走，奈威被綠仙舉起並摔落在地板上，最後是由哈利、妙麗跟榮恩擺平，而事後哈利跟榮恩都不喜歡跟不信任這個教授，只有身為迷妹的妙麗幫洛哈講話，認為他是給學生機會處理，但哈利跟榮恩並不買帳這個理由。
這個指定作業就是綠仙之亂課後因主角是魔法維護局的專家（表面身分），洛哈委託主角調查關於綠仙之亂有沒有走漏風聲，怕這件事情散布開來會有損他一直見利的名聲跟鄧不利多的信任。（但老鄧早就知道他是騙子安排他當DADA教授也是有意而為）
主角先是幫洛哈寫道歉信給上課的學生們，並在魔法部調查預言家日報內容，發現並沒有霍格華茲綠仙之亂的消息，詢問巴納比關於綠仙的資訊並向海格了解校內狀況及與佩妮詢問碧翠絲關於校內綠仙之亂的事蹟，最後得知事件只停留在學校並沒有流出巫界並告訴洛哈這件事，原本洛哈聽到主角說幫老鄧的機會不多而擔心，但最後聽到主角是因為他說事情傳出會看起來很糟糕讓老鄧難看而放心並感謝主角幫忙。
7.主y9c10結案-消失的密室ch10瘋搏格
對應原作小說ch10瘋搏格(頁201-9)魁地奇學院杯葛來分多對上史萊哲林，而多比下的詛咒導致搏格不斷追逐哈利，跩哥因此跌落於地而哈利在捕捉金探子時被伯格打中手而斷掉，洛哈想要搏取名聲而治療哈利的段賭，然而洛哈直接把骨頭除掉，致使哈利在醫院廂房喝下生骨藥療養。
遊戲劇情絲凱邀請主角前往學校觀看學院盃的比賽，並在那裏遇到了也是來看比賽的莫菲。然而因為主角們所坐的位子不是能很好看清楚球場狀況，由莫菲使用望遠鏡做實況解說，便觀看到有一個瘋搏格在追逐哈利，過程中跩哥先摔落於球場，而哈利在之後冒險捕捉金探子時被瘋搏格打斷手後落地，並說明洛哈接近哈利治療斷骨，而主角接過望遠鏡看到的是洛哈並沒有成功治療哈利的手臂，反而移除掉了骨頭。
8.主y9c11如今你在世界何處指定作業:拿樂斯太太的石化-消失的密室ch8忌日宴會末尾和ch9牆上的字跡前段
該章的指定作業是拿樂斯太太的石化，西追跟我們提到學校因為拿樂斯太太被石化的事情鬧得沸沸揚揚，請主角幫忙調查拿樂斯太太的石化原因，這段西追提到校園發生的恐怖事件是取自小說中消失的密室ch8忌日宴會末尾至ch9牆上的字跡的劇情(頁169-179)。
主角先找海格了解情形得知拿樂絲太太會沒事的消息，接著從老鄧口中得知龐芮夫人會用魔蘋果藥劑治療拿樂斯太太，主角也從檔案室得知魔蘋果是解除石化的關鍵藥材，從碧翠絲口中得知，拿樂斯太太被掛在牆上，並且上面有用血寫上關於密室的訊息，最後得出的結論則是這不是一起單純的事件，要西追小心。
murmur:我自己是覺得這一章其實很為了做而做，因為在遊戲在校劇情就有雕像詛咒，從中主角得知魔蘋果藥劑的功用，還有做石化相關的功課，有些環節其實根本沒有必要就是了。
9.主y9c12市場指定作業瘋搏格(調查)-消失的密室ch10瘋搏格
該章指定作業是卡倫探員被要求調查害哈利受傷的瘋搏格，該劇情對應遊戲劇情ch10結案和原作小說ch9瘋搏格(頁201-9，重複內容就不再贅述)，因為主角是第一線看到哈利受傷的經過，因此卡倫請主角協助跟幫忙調查。
遊戲中主角先拜訪桑科惡作劇商店，從米爾頓口中得知在他還是赫夫帕夫學生時並沒有碰過這種情形外他們商店也沒有賣瘋搏格，與卡倫會合彙整情報，並拜訪海格得知搏格的材質是鐵，之後告訴佩妮完整事發經過後，佩妮分析瘋搏格是被下咒才會只追著哈利跑，最後跟瘋眼和卡倫分析情報結論就是搏格被下了詛咒，而之後卡倫要繼續篩選跟排除與哈利相關人士並繼續調查可能嫌犯。
10.主y9c13傳言-指定作業:哈利你是一個爬說嘴-消失的密室ch11決鬥社
該章指定作業是霍格華茲發生哈利在決鬥社能跟蛇說話阻止蛇攻擊賈斯汀，也因此眾人得知哈利是個爬說嘴，爬說嘴跟黑巫師和黑魔法有千絲萬縷的關係，又結合牆上血字跟密室史萊哲林傳人的傳言，大部分學生懷疑並認為哈利是史萊哲林的傳人，這部分劇情對硬消失的密室ch11決鬥社(頁232-241)，而佩妮的妹妹碧翠絲在學校，也因此佩妮進行調查發現爬說嘴跟黑魔法與黑巫師之間的關聯性而擔心，委託主角幫忙調查是否是自己多心還是確實有必要擔心。
主角在檔案局調查知道史萊哲林學院創辦人薩拉札本人就是爬說嘴甚至有個外號蛇舌頭，而佛地魔也是個爬說嘴。在執行部門得知大部分的爬說嘴是老薩的後代，但部門職員也要我們不用害怕哈利，在豬頭酒吧透過阿波佛對話了解到他聽過納吉妮能變成一隻蛇的事(聯動怪獸2電影)，說大家不該害怕哈利，是哈利終結了恐怖的戰爭，並說戰爭死了很多人但同時也讓人們也失去相信彼此。
主角跟了解奇獸的莉茲對談，她表示哈利雖是爬說嘴但不認為他是個危險人物，跟海格對談，海格說他深知當所有人都覺得你很危險但實際上你不是的那種心情(指被當成密室開啟者)，並說非所有爬說嘴都是老薩的後代，惡人赫伯便是老薩之前的爬說嘴，之後主角告訴佩妮說雖然爬說嘴跟黑巫師和黑魔法有關，但他交談的朋友都認為哈利是可信且不需要害怕因為並非危險人物，所以可以安心，佩妮感謝主角幫忙並鬆了一口氣。
11.主y9c13傳言-消失的密室ch12變身水
該章到第3個任務時要回離奇罕見懸案部門跟主管福倫報告，在魔法部遇到了塔伯特、金利還有穆敵，他們提到正氣師跟霹靂巫師因為亞瑟的保護麻瓜法案突襲搜索黑巫師的家，而也包含了馬份豪宅，但他們都一無所獲。
亞瑟立麻瓜保護法案而使正氣師跟霹靂巫是進行突襲搜索，魯休斯把部分的黑魔法工藝品賣到波金與伯克氏商店，對應小說消失的密室ch4在華麗污痕書店裡(頁72-73)，而突襲檢查的收穫無果對應ch12變身水(頁263-266)，該段劇情藉由跩哥的口中得知家中豪宅客廳地板有間密室放著一個精貴黑魔法工藝品。(推測有可能之後會有這段劇情出現)
12.主y9c15驚喜-指定作業:反狼人草案-鳳凰會的密令上:ch14派西和獸足
這一個指定作業有些人會比較陌生，因為這個在消失的密室並沒有提到，而是到鳳凰會的密令上:ch14派西和獸足(頁334)中天狼星跟哈利提到，在消失的密室時間線，恩不理居因為痛恨混種生物而擬定反狼人草案，差點害路平找不到工作。
該指定作業的劇情便是恩不理居因為痛恨混種生物，而針對狼人草擬法案，該法案若通過身為狼人的嘉樂便無法繼續在聖蒙果工作，尤其她快成為正式的治療師，因此拜託主角一起參與調查，主角先從預言家日報以及掌握的便條紙可以得知確實有恩不理居草擬反狼人法這件事，在與朋友聊天中得知巴納比和他在狼人獵捕對工作的西賽爾叔叔都反對這項草案。
巫師對狼人的偏見與歧視很嚴重，這也使得在1637年的狼人行為準則以及1947年的狼人登記註冊沒有任何人簽署。而在最後嘉樂很無奈跟沮喪的表示這個法案若通過，將會讓她失去工作，但無論有無通過與否她都會跟史超夫人述說她是狼人，並且不會放棄她成為治療師的夢想。
