神秘部門的深處為如謎的大腦廳，內含一個玻璃製的「大腦室」，裡面為浸在特殊液體中的活躍大腦。大腦通常處於休眠狀態，但受到干擾時會變得非常危險。魔法部在此處研究思想及相關主題。據推測，葛林·佛利在失蹤前曾待在這裡好幾個小時。
